Selama menjabat sebagai Wakil Menteri Ketenagakerjaan, Immanuel Ebenezer terlibat dalam beberapa kontroversi:

• Pernyataan Kontroversial terkait #KaburAjaDulu

 Pada Februari 2025, ia menjadi sorotan karena komentarnya yang kontroversial terkait tagar viral #KaburAjaDulu.

Menanggapi fenomena WNI yang ingin bekerja di luar negeri, ia mengatakan, "Mau kabur, kabur sajalah. Kalau perlu jangan balik lagi."

Pernyataan ini menuai kritik tajam dari berbagai pihak, termasuk dari politisi Ni Luh Djelantik dan sosiolog.

Immanuel kemudian mengklarifikasi bahwa pernyataannya tersebut tidak mewakili sikap pemerintah.

• Sidak dengan Nada Emosional

Immanuel Ebenezer juga beberapa kali menjadi perbincangan publik karena video sidak yang ia lakukan ke perusahaan-perusahaan.

Video-video tersebut menampilkan dirinya yang marah dan emosional saat menghadapi dugaan penahanan ijazah karyawan dan kasus PHK.

Aksinya ini menimbulkan pro dan kontra, di mana sebagian warganet mendukung ketegasannya, sementara yang lain menganggapnya terlalu dramatis dan 'gila hormat'.

Salah satu insiden yang paling disorot adalah saat ia berdebat panas dengan perwakilan perusahaan Bumiputera.